Shinnok bukása számos változást hozott a Birodalmakban.
Raiden sutba dobta pacifista nézeteit és a legjobb védekezés a támadás elvét kezdte el vallani. Új módszerei nem csak a Földi birodalom harcosait rémítik meg, hanem az Idősebb istenek szívébe is félelmet plántálnak.
Cetrion a Földi Birodalmat járva próbálja eldönteni, hogy jó útra vezesse vagy megbüntesse az emberi fajt, amiért hálátlanul kizsigerelik a Természetet.
A Külső világban Mileena halála sem hozta el az évtizedek óta tartó Polgárháború végét. Kotal Kahnnak egy újraszerveződő ellenállással kell megküzdenie, miközben megpróbálja egyben tartani a birodalmát és ápolni a szövetségét a Földi birodalommal..
Az Árnybirodalomban is hatalmi harc van kibontakozóban az új császár Liu Kang és a sötétséget uraló lidérc Noob Saibot között.
Az újból független Edenia nyersanyagok és népesség híján küszködik az újjáépítés terhével.
A Káoszbirodalomban pedig egy olyan terv van születőben, ami alapjaiban boríthatja fel a Birodalmak közti törékeny egyensúlyt.